Nastao je 1937. godine kao Zavičajni muzej u Perastu, i to na dan kada je 1661. godine rođen Tripo Kokolja.
Ranije je bio smjesten u zdanju Peraške opštine, na trgu pored Crkve Svetog Nikole, a sada u palati Bujović, koja je za tu namjenu rekonstruisana 1957. godine. Palata Bujović jedan je od najljepših primjera barokne arhitekture XVII vijeka, a podigli su je braća Ivan i Vicko Bujović 1694. godine. Od 1992. godine postao je dio opštinske Javne ustanove „Muzeji Kotor“.
- Do danas je ova kulturna ustanova mijenjala naziv, ali ono što se nikada nije izmjenilo jeste kurs ove kulturne institucije, koja 80 godina njeguje tradiciju i sjećanje na vjekove prohujale kroz ovaj grad. Kao nosilac i čuvar kulturne baštine Perasta i Boke Kotorske, epicentra tadašnje i današnje Evrope, predstavlja oslonac kulture Crne Gore, nalazeći se na svjetskoj kulturnoj i turističkoj mapi – ističu iz peraškog Muzeja.
Fond ove značajne institucije nastao je donacijama Peraštana - nasljednika uglednih porodica, tokom druge polovine XIX i početkom XX vijeka, te sakupljenjem arhivske građe Perasta od sredine XV vijeka.
- Muzej grada Perasta baštini 16 pokretnih kulturnih dobara sa oko 450 muzejskih predmeta, razvrstanih u nekoliko zbirki koje prate istorijski, pomorski, ekonomski i kulturni razvoj Perasta za vrijeme vladavine Mletačke Republike, kao i za vrijeme francuske i austrijske vladavine. Danas, u okviru OJU Muzeji Kotor, dostojan je nasljednik svih predhodnih oblika i formi ove kulturne institucije, sa potrebom da ide u korak sa svjetskim muzejima, kao i sa namjerom da ogromno kulturno nasleđe zauvijek bude očuvano i prezentovano. Mnoge izložbe, koncerti, druženja, uslovili su da Muzej grada Perasta, postane prestižno mjesto. Sledeća dešavanja koja su planirana predstavljaju ponovnu prezentaciju kulturnog dobra, koje čuva ovo zdanje – dodaju iz Muzeja Perast.
Oni takođe najavljuju kako će u naredna tri mjeseca publici ponuditi interesantne postavke. Oni smatraju da će time podsjetiti lokalno stanovništvo na vrijednosti koje posjeduju, a koje će prvi put biti predstavljene. Riječ je o izložbi „Odlikovanja“, postavci arhivske građe prevedene sa osmanskog na crnogorski jezik, te izložbi „Stećci Boke i zaleđa“.
- Našim trudom i angažovanjem i dalje ćemo težiti da naša i vaša Ustanova, bude mjesto gdje ćete i dalje rado dolaziti i biti ponosni na nju – ističu iz Muzeja Perast.