Crkva Rođenja Bogorodice i otkopani ostaci manastira Crnojevića djeluju kao cjelina, iako ih dijele vjekovi. Kao vrijedan primjer sakralne arhitekture vodi se kao zaštićeno kulturno dobro od 1961. godine.
Crkva posvećena Rođenju Bogorodice podignuta je na temeljima hrama manastira Crnojevića čiji se ostaci nalaze u istorijskom jezgru Cetinja, na mjestu zvanom Ćipur. Crkvu je za potrebe dvora podigao 1890. knjaz Nikola. Zapravo, gradnja crkve je završena 1886, kako stoji napisano na ploči na pročelju crkve, ali je zbog lošeg statičkog proračuna došlo do težih oštećenja pa je čitava građevina iznova ozidana četiri godine kasnije.
Crkva je jednobrodna građevina sa polukružnom apsidom, šestostranom kupolom koja počiva na kvadratnom postolju i zvonikom na preslicu sa tri otvora za zvona. Zidana je od krupnih tesanika složenih u horizontalne redove. Unutrašnjost je sa četiri para profilisanih pilastera podijeljena na pet nejednakih traveja. Između pilastera formirani su plitki olakšavajući lukovi.
U crkvi se nalazi luksuzni ikonostas, rad petrogradskih majistora sa kraja 19. vijeka. Uz južni i sjeverni dio naosa nalaze se mermerne grobnice sa posmrtnim ostacima kralja Nikole Prvog Petrovića i kraljice Milene. Ispred ikonostasa u podu crkve nalazila se grobnica sa posmrtnim ostacima osnivača Cetinja – Ivana Crnojevića.
Novembra 2010. godine, nakon godina „deponovanja“, zemni ostaci Ivana Crnojevića su inhumirani u posebno sagrađen mermerni sarkofag u crkvi Rođenja Bogorodice na Ćipuru. Inhumacija je obavljena u septembru 2010, u godini u kojoj se obilježavalo 520. godina od smrti Ivana Crnojevića u okviru programa Vlade Crne Gore „Cetinje – grad kulture 2010-2013“.
Zemni ostaci su tada izvađeni i pohranjeni u specijalno sagrađeni sarkofag, a kao pokrivna poloča novog sarkofaga upotrijebljena je ploča koja je do tada bila u podu Dvorske crkve Petrovića.
Inače u literaturi se može pročitati da je zemne ostatke Ivana Crnojevića, pronašao pok. Šunja Đurić, arheolog, negdje ranih šezdesetih godina prošlog vijeka, prilikom arheoloških istraživanja Ćipura. Ti ostaci su čuvani u trezoru Narodne banke, odnosno SDK Crne Gore, a kasnije u depou Narodnog muzeja.
Danas su mnogi skloni mišljenju da je pravljenjem novog sarkofaga izmješteno zavještano grobno mjesto gospodara Ivana Crnojevića, prema tadašnjoj želji i zahtjevu SPC. Po svemu sudeći mjesto gdje je prvobitno stajala pokrivna poloča novog sarkofaga bilo je zavještano grobno mjesto gospodara Ivana Crnojevića, sveca CPC i osnivača Cetinja. Danas se u njemu nalaze kosti koje su otkopane tokom radova na arheološkim istraživanjima na Ćipuru tokom osamdesetih godina.
O tome kako su te kosti završile na mjestu gdje je nekad stajala pokrivna poloča sa imenom Ivana Crnojevića govorio je 2022. godine za Portal Analitika arheolog Mladen Zagarčanin koji je jedno vrijeme vršio dužnost v.d. direktora Uprave za zaštitu kulturnih dobara.
Opisujući to stanje nakon inhumacije zemnih ostataka Ivana Crnojevića u novi sarkofag on kaže:
“Nakon toga ostala je rupa“.
Navodi i da je nekadašnji direktor Narodnog muzeja Pavle Pejović, prema navodima Mitropolije crnogorsko pimorske SPC, obavjestio istu da se u Narodnom muzeju Crne Gore, u veoma lošem stanju nalaze kosti koje su otkopane tokom radova na arheološkim istraživanjima na Ćipuru tokom osamdesetih godina.
Kako kaže, poznato je da je ovaj osteološki materijal obradio naš čuveni antropolog Božina Ivanović.
„Kako je nakon toga nastao nemar, a smatra se da se među kostima nalaze kosti crnogorskih mitropolita sahranjenih na Ćipuru, Narodni muzej je donio ove, kako kažu, „raspale“ kutije sa kostima vladika, i dozvolio da se sahrane u onu istu raku iz koje su izvađene kosti Ivanbega Crnojevića“, objašnjavao je sagovornik Portala Analitika tada.
Nakon toga, kako ističe, izrezana je nova mermerna ploča istih dimenzija kao ploča koja je prethondo stajala na Ivanovovom grobu, da bi potom sa novom i neobilježenom pločom bio zatvoren grob, ali sada sa, kako dodaje, ostacima izmiješanih skeleta, „među kojima svakako ima i kostiju nekadašnjih vladika sahranjenih u crkvi koju su Mlečani razorili u eksploziji municije 1692“.
Međutim, kako izgleda i ovako važni detalji koji su vezani za crnogorsku kulturnu baštinu uporno se pokušavaju relativizovati. Jer, sudeći prema činjenicama, rupa o kojoj govori Zagarčanin, ne može biti ništa drugo, nego zavještano grobno mjesto gospodara Ivana Crnojevića, sveca CPC i osnivača Cetinja.
O nekadašnjem izgledu manastirskog kompleksa Crnojevića na Ćipuru danas možemo osvjedočiti i u dokumentarnom filmu autora Branislava Borozana i Lazara Jovovića.
Riječ je o filmu kojim je, korak po korak, u 3D animaciji uhvaćena stvaralačka nit dubrovačkog arhitekte koji je prije više od pola milenijuma (1484. godine), nakon četiri godine gradnje, stvorio zdanje koje je ujedno bilo i zavjet Ivana Crnojevića da se u tami vremena ne izgubi i zatre ime Crne Gore i trajanje crnogorskog naroda.
Film je prvi put prikazan 2005. godine na lokaciji na Ćipuru čime je po mišljenju autora na simboličan način učinjeno da manastir koji je srušen 1692. bude nanovo „rođen“.
