On je, međutim, povodom masakra u Srebrenici ocijenio da su pojedinačni zločini nad Srbima neuporedivi s pokušajem iskorjenjivanja Bošnjaka.
"Početkom svog prvog mandata 2010. u jednom intervjuu izrazio sam žaljenje za sve zločine koje je Armija Republike Bosne i Hercegovine počinila prema Srbima. Izrazio sam saučešće i uputio izvinjenje. Nakon te izjave bio sam izložen snažnom medijskom pritisku u BiH. Takvo saučešće upućujem ponovo i spreman sam da odem na svako mjesto stradanja Srba u BiH", rekao je Izetbegović.
On je u intervjuu Danasu, odgovarajući na pitanje zbog čega niko do sada nije osuđen zbog stravičnih zločina nad Srbima u selima Podravanje, Brežani, Zalazje, Obadi, Andrići i Kravice, odgovorio da je prije nekoliko mjeseci pokrenuo inicijativu za obilazak mjesta stradanja svih naroda u BiH i da će ona uskoro biti realizovana.
Izetbegović je, govoreći o dolasku Aleksandra Vučića 11. jula u Srebrenicu, rekao da je ta odluka na premijeru Srbije i ocijenio da Vučić nije inicirao hapšenje Nasera Orića, već da ga je taj događaj iznenadio i "ugrozio njegovu dobru namjeru da popravlja odnose".
Izetbegović je kazao i da ne razumije zašto je za srpski parlament važno da ne prizna da se, kako smatra, u Srebrenici dogodio genocid i dodao da ne očekuje da Milorad Dodik zatraži u UN veto od Rusije po tom pitanju, jer je ta država priznala genocid u Srebrenici.
