Pamuk u „Muzeju nevinosti“ otvara najraznovrsnije teme - od društvenih tabua do neodoljive modernosti i sloboda koje su sedamdesetih osvajali i mladi Istanbulci, od metaforičkih muzejskih vrijednosti, do pregleda zbirki najbizarnijih svjetskih muzeja, od zapleta kao na filmu, do pripovijesti o svijetu savremene turske kinematografije.
Ipak, jedna se tema izdvaja i po njoj se ovaj roman razlikuje od drugih Pamukovih romana – to je ljubav. Istanbul je, pak, kao i uvijek kad je Pamuk u pitanju, nezaobilazna velika pozornica priče. Ulicama istanbulskih četvrti Nišantaš, Čukurdžuma, Taksim, Harbija, Bejoglu, često krstari još jedan junak ove knjige – automobil „ševrolet“ iz 1965, koji svojom rutom spaja ekskluzivne klubove i musave barove, luksuzne vile i sirotinjske periferijske četvrti, bioskopske bašte kojih danas više nema i mjesta i scene vezane uz turski film i glumce, poslovne četvrti i ćumeze staretinara čudaka.
No, ovaj roman je prije svega knjiga o vezama među ljudima, opsesijama, fetišima, emotivnoj zavisnosti, sakupljanju stvari i uspomena, sjećanju i čežnji. U osnovi svega stoji fundamentalno pitanje šta je ljubav, zapravo.
Priča o bogatom mladiću Kemalu koji je opsesivno zaljubljen u mladu, lijepu Fusun i krade iz njenog stana sitnice, djelove njenog života i od toga pravi neku vrstu svetilišta. Nešto slično radio je i Orhan Pamuk pišući priču - sakupljao je sve što i njegov junak, pazario na buvljim pijacama kako bi materijalizovao svaku stvar koju spominje u djelu. Neki predmeti na koje je nailazio usmjeravali su čak tok radnje.
Orhan Pamuk je imao ideju da, pored romana, uporedo napravi muzej sa svim stvarima koje glavni junak romana čuva. Osjećaj da je Pamuk sa puno pažnje i ljubavi stvarao muzej u koji je uložio sav prihod od Nobelove nagrade i još dosta toga, prisutan je svuda.
Pamuk je svojevremeno izjavio da je samo želio da napravi „mjesto gdje će zamrznuti vrijeme“. Na to podsjeća i platno u prizemlju, na kome je pričvršćeno 4.213 ugašenih cigareta. Njih je, navodno, Fusun od 1976. do 1984. popušila, a Kemal sačuvao. Poređani u redove i kolone od poda do plafona izdaleka izgledaju kao džinovski tekst ispisan klinastim pismom. Izbliza, može se vidjeti da su mnogi od filtera obojeni karminom ili ostacima sladoleda od višanja, koji je junakinja obožavala. Istanbulski vajar i dizajner nakita Kimet Dastan osmislio je ovaj eksponat. Pored cigareta, u muzeju se mogu naći razne sitnice koje je junak romana sakupljao godinama i čuvao.
