Popović je u razgovoru koji je sa njim vodila Tamara Nikčević, objavljenom 26. marta, kazao da je u krivičnoj prijavi protiv predsjednika SRJ, Vojislava Koštunice, kao i šefa Vojne službe bezbjednosti, Aca Tomića, naveo dokaze koji ukazuju na to da je postojala veza između oružane pobune JSO-a i kasnijeg atentata na predsjednika srpske vlade, dr Zorana Đinđića.
U intervjuu naslovljenim “Sud nije dozvolio da istražim pozadinu ubistva Zorana Đinđića”, Popović je govorio o ulozi Vojislava Koštunice u organizaciji ubistva srpskog premijera Zorana Đinđića, ulozi koja je tih dana, tokom predsjedničke kampanje u Crnoj Gori, aktuelizovana Đukanovićevom izjavom da je direktora i glavnog i odgovornog urednika Dana, Duška Jovanovića “ubio onaj koji nosi politički kišobran za ubistvo Zorana Đinđića, onaj koji je svojom politikom onemogućavao Srbiji da stane na evropski put, onaj koji je svojim destrukcijama pred Briselom pokušavao Crnu Goru da omete na njenom evropskom putu”.
„U odnosu na stvarnu ulogu Vojislava Koštunice u ubistu Zorana Đinđića, izjavu crnogorskog premijera Mila Đukanovića doživljavam kao krajnje učtivu“, kazao je Portalu Analitika Popović, inače pravni zastupnik Mile i Gordane Đinđić, majke i sestre ubijenog premijera.
Popovoć je govorio i o krivičnoj prijavi koju je 2010, u ime porodice Đinđić, podnio protiv Vojislava Koštunice, Aca Tomića i još sedam lica zbog organizovanja oružane pobune Jedinice za specijalne operacije (JSO) MUP-a Srbije.
“U optužnici za ubistvo premijera Đinđića, sam specijalni tužilac objašnjava vezu između oružane pobune JSO-a i atentata na premijera Đinđića. Tužilac tvrdi da je riječ o jedinstvenom planu čiji je cilj bio da se sruši vlada i da se protivustavno promijeni vlast. Oba lica navedena u mojoj krivičnoj prijavi - Koštunica i Tomić – podržala su tu istu pobunu Crvenih beretki”, kazao je Popović, dodajući da je specijalni tužilac podlegao pritisku Dobrice Ćosića i odustao od namjere da sasluša Vojislava Koštunicu, čime mu je, po Popoviću, učinio “veoma lošu uslugu”.
Popović se u razgovoru sa Tamarom Nikčević složio sa Đukanovićevom ocjenom da je Koštunica, "po istoj formuli kao i Milošević, rabio ono što su obavještajno-bezbjednosne strukture Vojske Jugoslavije“.
“Logično. Zašto? Zato što niko i ne tvrdi da je cijelu operaciju osmislio sam Vojislav Koštunica. Kao složeni mehanizam koji se sastoji iz više dijelova i faza, akciju je morala da osmisli neka operativna pamet. Koja? Pa, ona o kojoj govori premijer Đukanović... Drugo, u vrijeme policijske akcije Sablja, čija vozila su mogla da se kreću gradom bez rizika da će biti zaustavljena i pretresena? Pa, vozila vojske! Pored toga, zanimljivo je da se nekim čudom, baš u trenutku atentata, na pedeset metara od prozora sa koga je Zvezdan Jovanović pucao na Zorana Đinđića, našao tjelohranitelj Ratka Mladića, kapetan Puhalo; ta „slučajnost“ nikada nije objašnjena. Najzad, zar nije dokazano da su oni koji su kasnije pucali na premijera, u vrijeme pripremanja oružane pobune, posjećivali načelnika Vojne službe bezbjednosti, Acu Tomića, koji ih je, prema svjedočenjima, na tu pobunu ohrabrivao? Tomić Zemunce nije primao samo u Upravi vojne bezbjednosti, nego i u svom stanu. O tome postoje svjedočenja vozača Milorada Ulemeka Legije i Dušana Spasojevića. Kada sam, tokom suđenja, kao advokat porodice Đinđić, o tim posjetama htio da postavim pitanje Aci Tomiću, Nata Mesarević, predsjednica Sudskog vijeća, tako nešto mi nije dozvolila”, kazao je Popović Portalu Analitika.
Podizanje optužnice za oružanu pobunu JSO-a i istovremeno povlačenje krivične prijave protiv Vojislava Koštunice, Popović je smatrao sramotom srpskog pravosuđa.
Današnji beogradski mediji podsjećaju da je Popović postao poznat u svijetu još 1976. godine kada je bio na naslovnoj strani londonskog "Tajmsa", koji ga je opisao kao "čovjeka koji je dugo žigosan u Jugoslaviji, jer je jedan od hrabrih muškaraca i žena koje brane progonjene zbog svojih uvjerenja".
Bio je jedan od najvećih protivnika režima Slobodana Miloševića, odnosno jedan od prvih intelektualaca koji je na njega ukazao kao "veliku opasnost".
Godine 1989. je pokrenuo nedjeljnik "Vreme". Često je proglašavan izdajnikom srpstva. Zbog javnih pretnji 1991. izbjegao je u SAD odakle se vratio poslije svrgavanja Miloševića 5. oktobra 2000. godine.
U novije vrijeme je kao zastupnik porodice ubijenog srpskog premijera Zorana Đinđića.
