Profesor Paceli sa Napuljskog univerziteta tvrdi da je umjetnika ubio Malteški red vitezova, iz osvete. Prema dokumentima koja je pronašao u tajnoj vatikanskoj arhivi tadašnja Rimska crkva potvrdila je da je vidjela kako je njegovo tijelo bačeno u more blizu Paloa.
Karavađo je bio poznat po nasilničkoj prirodi i vjerovalo se da je bio meta Malteškog reda nakon što je ranio jednog od njihovih strijelaca u ranijoj svađi.
- Da je Karavađo umro u Porto Erkolu tamo bi bio i sahranjen, naročito, ako u obzir uzmemo činjenicu da mu je brat bio sveštenik. Ne bismo došli u situaciju da nagađamo gdje mu je grob – izjavio je profesor Paceli za Dejli telegraf.
Ekspert za Karavađa na koledžu Vilijam i Meri, SAD Džon T. Spajk tvrdi da je ideja da je umjetnik namjerno ubijen - nerealna i smatra da je vjerovatnije da su ga ubili sasvim slučajno, a potom su se tijela oslobodili bacivši ga u more.
2010. godine policija u Toskani radila je ponovo na ispitivanju Karavađove smrti i otkrila ostatke tijela u grobu crkve u Porto Erkole. Tada su insistirali da su 85 odsto sigurni da otkrivene kosti pripadaju Karavađu, ali su ovu tvrdnju odbacili mnogi ugledni istoričari.
