Tužilaštvo navodi kako je Mehanizam za međunarodne krivične sudove propustio da Simatovića i Stanišića proglasi krivima i odgovornima kao članovima udruženog zločinačkog poduhvata. Takođe, smatraju da je sudsko vijeće pogriješilo u tome što nije utvrdilo da su Stanišić i Simatović dijelili istu namjeru potrebnu za udruženi zločinački poduhvat.
U žalbi se navodi kako se vijeće nije oslanjalo na relevantne i dokazane dokaze.
Tužilaštvo zahtjeva da ih se proglasi krivima kao članove udruženog zločinačkog poduhvata i da im se poveća zatvorska kazna.
Navode i kako je vijeće pogriješilo što Stanišića i Simatovića nisu proglasili krivima za pomoć i za podržavanje zločina u Krajini, Zvoniku, Doboju i Sanskom Mostu. U žalbi traže da se ovo ispravi i da se oni proglase krivima i po ovim tačkama optužnice, pa da se poveća kazna shodno tome.
Jovica Stanišić i Franko Simatović osuđeni su na po 12 godina. Osuđeni su da su pomagali i podstrekavali zločine koji su imali za cilj prisilno i trajno uklanjanje većine nesrba, ali samo iz Bosanskog Šamca, putem činjenja krivičnih djela progona, ubistva, deportacije i nehumanih djela.
Proglašeni su odgovornim po svih pet tačaka optužnice, ali ne za planiranje zločina. Pretresno vijeće je potvrdilo da su se dogodili strašni zločini u mjestima navedenim u optužnici (BiH i RH), ali ne da su ih oni naredili.