Odmah po atentatu u Srbiji je proglašeno vanredno stanje, a već sutradan policija je uhapsila na desetine osoba za koje se vjerovalo da su povezane s atentatom. Glavnoosumnjičeni Milorad Luković Legija, bivši zapovjednik Jedinica za specijalne operacije, poznatijih kao "Crvene beretke" je pobjegao, da bi se nakon više od godinu dana, samoinicijativno predao policiji.
Godine 2007. za njegovo ubistvo izrečena je presuda kojom su na 40 godina zatvora osuđeni bivši zapovjednik Jedinice za specijalne operacije (JSO) Milorad Ulemek zvani Legija i bivši pomoćnik zapovjednika Jedinice Zvezdan Jovanović, neposredni izvršilac atentata.
Na 35 godina zatvora osuđeni su: Aleksandar Simović, Ninoslav Konstantinović, Vladimir Milisavljević i Sretko Kalinić. Po 30 godina dobili su: Željko Tojaga, Branislav Bezarević, Miloš Simović, Milan Jurišić i Dušan Krsmanović, a Saša Pejaković je dobio osam godina zatvora.
Ubistvo Đinđića osudio je čitav svijet, a isticalo se kako su "ubice željeli zaustaviti reforme koje je Đinđić beskompromisno sprovodio nakon pada Miloševićevog režima". Obilježavanje godišnjice Đinđićeve smrti započeće okupljanjem pred grobom ubijenog premijera na Novom groblju u Beogradu. Supruga ubijenog premijera, Ružica Đinđić, predsjednik Srbije i DS-a Boris Tadić, članovi, prijatelji i članovi DS-a odaju počast i polažu vijence na Đinđićev grob u Aleji velikana u 10.30 sati.
