Suđenju prisustvuju optuženi Robert i Luka Matanić, Amir Mafaljani i Slobodan Đurović i izjasnili su se da nisu krivi. Početku suđenja ne prisustvuje Željko Milovanović, koji u pritvoru u Beogradu čeka suđenje po istoj optužnici, kome je odbijen zahtjev da mu se ne sudi u Hrvatskoj, kao ni Bojan Gudurić koji se prošle noći predao policiji u Banjaluci. Hrvatski mediji prenijeli su izjave njegovog advokata da želi na suđenje u Zagreb, kako bi imao obezbijeđeno pravedno suđenje, a pojavila su se i nagađanja da se nudi za svjedoka saradnika.
Matanić u lancima: Policija ima snajpere po krovovima i uklanja parkirane automobile po ulicama oko zgrade suda, što je samo dio mjera obezbeđenja koje su u medijima popraćene i naslovom "Pukanićeve ubice nikada nisu bile bezbednije". Optuženici su uvedeni oko 9.30 u sudnicu, vezani lisicama i lancima oko nogu, a jedino su Robertu Mataniću lanci ostali i nakon ulaska u sudnicu. Sudija Ivana Kršul je objasnila da se sudsko vijeće odlučilo na takvu mjeru zbog njegove nediscipline u zatvoru, odnosno zbog saznanja da je iz zatvora nekome pokušao da pošalje poruku s ceduljicom.
Inače, jedino će Robert Matanić danas iznijeti svoju odbranu, što je sam tražio. Sud je odbio zahtev advokata Bojana Gudurića da se suđenje odloži dok Gudurić ne bude izručen Hrvatskoj. Optuženi su na početku suđenja iznijeli svoje lične podatke, a Slobodan Đurović je na pitanje o vrednosti imovine kazao da je ne bi mogao potrošiti i da "živi sto godina". "Da živim sto godina ne bih to mogao da potrošim. Imam oko deset miliona eura", kazao je Đurović, na šta ga je sudija Kršul upozorila da to nije odgovor.
Baranin Đurović tvrdi da posjeduje 10 miliona eura: Đurović je onda rekao da ima trgovačka društva, zemljišta, akcije i građevinske firme. Robert Matanić je rekao u svojoj odbrani da ga je USKOK izigrao obećavši mu status svedoka. Matanić koji je navodni organizator ubistva, kazao je da ne osjeća krivim, navodeći da mu je Ured za borbu protiv korupcije i organizovanog kriminala (USKOK) za lažni iskaz nudio status zaštićenog svjedoka. Ostao je pri ranijim tvrdnjama da su za ubistva Pukanića i Franjića odgovorni optuženi Željko Milovanović i Bojan Gudurić, ali ne i pri iskazu da su naručitelji Sreten Jocić, poznatiji kao Joca Amsterdam i Slobodan Đurović.
On je izjavio da je preko svog advokata dao neistinit iskaz, na osnovu sopstvenih sumnji o naručiocima ubistva. Rekao je takođe da je s ubistvom lažno povezao i penzionisanog generala Vladimira Zagorca i Stanka Subotića, biznismena iz Srbije kome se u Srbiji u odsustvu sudi za šverc cigareta. Matanić je kazao da je povjerovao USKOK-u, ali da su mu "na kraju zabili nož u leđa". Prema optužnici USKOK-a, ubistvo Pukanića je organizovano kako bi ga onemogućili da u medijima u Hrvatskoj i susjednim zemljama iznosi novinarska saznanja o djelovanju više kriminalnih grupa na tim prostorima i njihovoj povezanosti. Zločinačku organizaciju u Srbiji je u prvoj polovini 2008. organizovao Sreten Jocić, po čijem je nalogu njegov kum Slobodan Đurović za milion i po eura organizovao ubistvo Pukanića. Hrvatski mediji spekulišu da postoji krunski svjedok, odnosno osoba koja je učestvovala u pripremi ubistva i koja teško tereti sve optužene. Navodno je na sigurnoj lokaciji, jer je njegova glava ucijenjena na milion eura, prenio je B92.
Ubistvo, prema optužnici, naručio Joca Amsterdam: Za suđenje je akreditovano oko 130 novinara, fotoreportera i snimatelja uglavnom iz Hrvatske, ali i iz regiona, a suđenje se odvija uz izuzetno jake mjere bezbjednosti. Šestorka se, prema optužnici koju je sastavio Ured (kancelarija) za suzbijanje korupcije i organizovanog kriminala, tereti da se udružila u međunarodnu zločinačku organizaciju sa Sretenom Jocićem, zvanim Joca Amsterdam, na čelu, da je eksplozivom ubila vlasnika nedeljnika "Nacional" Ivu Pukanića i njegovog saradnika Niku Franjića i nameravala da ubije još dve osobe na zagrebačkom području. Kao egzekutor je označen Milovanović, koji je u dvorište "Nacionala" 23. oktobra 2008. dovezao skuter s eksplozivom i parkirao ga pored Pukanićevih kola. Eksploziv je aktiviran uveče kad su se Pukanić i Franjić približili kolima i skuteru. Sumnja se da je Gudurić eksploziv, kojim je ubijen Pukanić, prebacio iz Srbije u Hrvatsku, ali i da je sa tavana obližnje zgrade naoružan snajperom posmatrao parkiralište na koje je Milovanović dovezao skuter s eksplozivom i bio spreman da ubije Pukanića ako eksploziv zataji. Ostali optuženi terete se da su organizovali praćenje Pukanića i logistiku: od smještaja do naoružanja. Za razliku od Milovanovića i Gudurića, ostali optuženi uhvaćeni su sedam dana posle ubistva.
