Optužnica je podignuta protiv Milorada Ulemeka Legije, Zvezdana Jovanovića, Dušana Maričića, Veselina Lečića, Miće Petrakovića, Vladimira Potića, Dragoslava Krsmanovića i Dragiše Radića. Tužilaštvo ih tereti da su oružanu pobunu organizovali sa vođom “zemunskog klana” Dušanom Spasojevićem i da je to bio uvod u ubistvo tadašnjeg srpskog premijera Zorana Đinđića.
Prema navodima optužnice, Jedinica je otkazala poslušnost i prekinula sve veze sa komandom. Njeni pripadnici blokirali su bazu u Kuli i saopštili zahtjeve za smjenu ministra unutrašnjih poslova, načelnika Resora državne bezbjednosti i njegovog zamjenika. Zatim su, kako se navodi u optužnici, uz upotrebu borbenih vozila i naoružanja blokirali auto-put kod Vrbasa, a narednih dana to ponovili i blokadom auto-puta kroz Beograd kod Sava centra, odbijajući istovremeno i naređenja da se vrate u bazu. Pobuna "crvenih beretki" trajala je nedjelju dana, a srpsko tužilaštvo navodi da je pobuna JSO bila uvertira za atentat na predsjednika Vlade Srbije, Zorana Đinđića.
Razlozi za pobunu, kako su tada tvrdili komandanti jedinice, bili su hapšenje braće blizanaca Banović - Nenada i Predraga, optuženih u Hagu, a “beretke” su zahtijevale da se hitno donese i zakon o saradnji sa Tribunalom. Braća Banović, koja su u Srbiji živjela sa lažnim dokumentima, uhapšena su na pijaci u Obrenovcu i iste večeri prebačeni u pritvor u Ševeningenu. Blizanci su bili optuženi za ratne zločine počinjene u logoru Keraterm.
Prvi komandant JSO Milorad Ulemek Legija, nalazi se na odsluženju maksimalne zatvorske kazne od 40 godina zatvora zbog ubistva premijera Zorana Đinđića, političkih ubistava i atentata na protivnike Slobodna Miloševića, kao i za zločine zemunskog klana. Njegov nasljednik na komandnom mjestu Duško Maričić Gumar takođe služi maksimalnu kaznu zbog ubistva Ivana Stambolića, četvorice funkcionera SPO na Ibarskoj magistrali, kao i zbog atentata na Vuka Draškovića u Budvi. Zvezdan Jovanović Zmija služi 40 godina, kao neposredni ubica premijera Đinđića.
Po nalogu tužilaštva i suda 20. septembra privedeni sunekadašanji pomoćnik komandanta JSO zadužen za kontraobavještajni sektor, a tada pripadnik BIA Veselin Lečić (51), pripadnik Žandarmerije Mića Petraković (39), žandarm iz Protivterorističke jedinice Vladimir Potić (37), i Dragoslav Krsmanović (53). Istražnim organima se 29. septembra iste godine predao Dragiša Radić (53), sada penzioner, koji je u trenutku hapšenja njegovih kolega iz JSO bio van zemlje.
