To je primjer kriptodepresije, gdje se djelovi jezera protežu ispod nivoa mora.
Zakrivljeni grebeni slični kičmi koji teku paralelno s južnom obalom dio su Dinarskih Alpi koje se sastoje od uglavnom lako erodivih stijena poput vapnenca, dolomita i drugih karbonata.
Kovitlavi pljusak u centru jezera vjerovatno je miješanje sedimenata koji je transportovan nizvodno sa viših nadmorskih visina kroz sniježnu otopljenu vodu i druge planinske tokove. Glavni izvor ovog dotoka sedimenata dolazi iz rijeke Morače-njegova široka delta zauzima veliki dio obale Crne Gore.
Manje delte rijeka duž sjevernih ivica jezera takođe doprinose sedimentu.
Rijeka Drim i rijeka Bojana se na kraju izlivaju u Jadransko more.
Kao i kod mnogih velikih slatkovodnih jezera u blizini gradova, mnoge domaće biljke i životinje na Skadarskom jezeru ugrožene su zbog ljudske aktivnosti.
Crna Gora je zapadni dio jezera učinila nacionalnim parkom, a Albanija je svoj dio proglasila rezervatom prirode. Obje države nastoje da zaštite mnoge vrste ptica, mikroorganizama i vodenog života, uključujući jegulje, puževe i endemske vrste riba.
