Sudsko vijeće kojim je predsjedavao njemački sudija Christoph Flügge proglasilo je Tomilira krivim za genocid nad Bošnjacima u Srebrenici i Žepi.
Tolimir je, rekao je sudija Flügge, do kraja bio upoznat s gnusnim kriminalnim radnjama i "dijelio je namjeru da tome doprinese". Takođe, "dijelio je namjeru drugih učesnika zločinačkog poduhvata".
Tolimir je prije izricanja presude rekao da želi da "ovo suđenje završi u skladu s Božijom voljom". On je ranije tražio da bude oslobođen, jer nema dokaza. Prije izricanja kazne, tri puta se prekrstio.
Sud je utvrdio da je tokom agresije na Bosnu i Hercegovinu kod vođstva bosanskih Srba vladala politika o uklanjanju bošnjačkog stanovništva iz istočne Bosne i drugih područja.
Direktiva koju je potpisao Radovan Karadžić u martu 1995. godine, kako je konstatirano, bila je uvod u realizaciju plana Vojske Republike Srpske o trajnom uklanjanju bošnjačkog vojno sposobnog i civilnog stanovništva iz Srebrenice i Žepe.
"Vladala je politika o uklanjanju bošnjačkog stanovništva iz istočne Bosne", konstatiralo je Sudsko vijeće.
Današnjom presudom Sudsko vijeće Haškog tribinala prihvatilo je zahtjev Haškog tužiteljstva koje je i tražilo da Tolimir do smrti ostane iza rešetaka, jer je, kako je konstatovano, proveo zapovijest predsjednika Republike Srpske Radovana Karadžića i generala Mladića da svi vojno sposobni Bošnjaci iz Srebrenice budu ubijeni.
S druge strane, Tolimir je tvrdio da takve zapovijesti nikad nije bilo.
Tužilaštvo je tvrdilo da je Tolimir, zajedno s Ratkom Mladićem, te drugim zapovjednicima u vojsci bosanskih Srba bio sauesnik "udruženog zločinačkog
poduhvata čiji je cilj bio trajno uklanjanje Bošnjaka iz Srebrenice i Žepe", kao i za udruženi zločinački poduhvat s ciljem ubijanja vojno sposobnih Srebreničana bošnjačke nacionalnosti.
Tolimir je, takođe, terećen za ciljana ubistva u Žepi, među njima i ono komandanta odbrane Žepe Avde Palića, te članova Ratnog predsjedništva Žepe Mehmeda Hajrića i Amira Imamovića. Ta ubistva su bila predvidljiva posljedica udruženog zločinačkog poduhvata u kojem je učestvovao Tolimir.
Prema optužnici, snage bosanskih Srba su u julu 1995. godine ubile okosedam hiljada bošnjačkih muškaraca iz Srebrenice, a taj je zločin isplanirala i ostvarila sigurnosno-obavještajna uprava glavnog štaba Vojske Republike Srpske na čijem je čelu bio general Tolimir.
On je nadzirao obavještajnog pukovnika Ljubišu Bearu, koji je u Haagu, takođe, osuđen na doživotnu robiju, te zloglasni 10. diverzantski odred.
Zdravko Tolimir je uhapšen u maju 2007. godine. Tada je bio treći najtraženiji haški optuženik, odmah poslije Radovana Karadžića i Ratka Mladića.
Za zločin u Srebrenici do sada je u Haškom tribunalu i na Sudu Bosne i Hercegovine u Sarajevu doneseno više pravosnažnih presuda.
