Cijepanje jedinstva Pećke patrijaršije počinje odlaskom Arsenija III sa sveštenstvom u zemlje bečkog dvora. Prelazak Arsenija III na austrougarske teritorije bila je posljedica stalnih turskih pobjeda nad austrijskom vojskom. Pod pritiskom poraza Austrijanaca čiji je bio saveznik Arsenije sa tri episkopa i to beogradskim Simeonom, rudničkim Teofanom i zvorničkim Gerasimom bježi od turske osvete. Međutim, taj prelazak nije bio bezuslovan već je prije tog čina Arsenije tražio i dobio od bečkog cara Leopolda garancije, tzv. privilegije.
Dobijanje privilegija odvijalo se na sljedeći način. Uoči pada Beograda 1690. godine, Arsenije u Beč na pregovore šalje svog episkopa Isaija Đakovića. Đaković je uspio da od bečkog cara izdejstvuje „PRIVILEGIJE“. Po tom dokumentu, patrijarhu Arseniju III bila je priznata vlast nad cjelokupnim srpskim narodom i pravo da između sebe postavljaju arhiepiskope, da arhiepiskopi postavljaju episkope, da se crkve mogu slobodno graditi, a da se sveštenstvo kažnjava po crkvenom pravu.
Međutim, Karlovačkim mirom iz 1699. godine, određene su nove granice između Turske i Austrougarske. Nove granice razbile su teritorijalno jedinstvo Pećke patrijaršije. Na teritoriji bečkog carstva našlo se 7 eparhija Pećke patrijaršije a pod turskom vlašću 13 eparhija. Za eparhije pod turskom vlašću za patrijarha je postavljen Kalinik I, kojeg do smrti Arsenija III 1706. godine većina srpskih episkopa nije priznavala.
Dakle, od izbora Kalinika I do smrti Arsenija III (za nekih 15 godina) Srpska pravoslavna crkva imala je 2 patrijarha u isto vrijeme, koji nijesu imali nikakve međusobne veze i to Arsenija III i Kalinika I. Arseniije III je bio vrlo aktivan, pa je u tim nepovoljnim uslovima osnovao mnoge episkopije na teritorijama đe su živjeli Srbi izmiješani sa Hrvatima i Mađarima.
Nakon smrti Arsenija III, postavilo se pitanje kakav odnos da se zauzme prema patrijarhu Kaliniku I kojeg niko nije poznavao ni priznavao. Pod uticajem bečkog dvora iskristalisalo se mišljenje da SPC u monarhiji treba da prekine sve veze sa Pećkom patrijaršijom. Ovo posebno potencira episkop Isaija Đaković sa stavom da SPC u monarhiji treba da bude samostalna i autokefalna. Sasvim drugi stav zastupa episkop Stevan Metohijac koji je jedno vrijeme naslijedio Arsenija III, ali je ubrzo zbačen sa prijestola. Stvar je riješena kompromisom.
U Krušedolu je 1708. godine održan izborni sabor na kojem je Stevan Metohijac povukao kandidaturu za patrijarha pod uslovom da Isaija Đaković položi zakletvu vjernosti Pećkom patrijarhu. Na kraju je Stevan prihvatio da se SPC u monarhiji prizna pravo autonomije a ne autokefalnosti. Bečki car je 1708. godine potvrdio izbor Isaije za mitropolita u maju mjesecu, a već nakon mjesec dana nađen je mrtav.
Na Krušedolskom saboru, Karlovačka mitropolija postaje autonomna oblast u okviru Pećke patrijaršije. Kakav-takav kontakt Karlovačke mitropolije sa Pećkom patrijaršijom održavao se do dolaska Arsenija IV Jovanovića Šakabente u Austrougarsku. Međutim, u to vrijeme na prijesto Pećkih patrijarha dolaze Grci pa Arsenije IV prekida sve odnose sa Pećkom patrijaršijom. No, na području Austrougarske ubrzo se formira još jedna mitropolija. Požarevačkim mirom dobila je Austrougarska Banat i dio sjeverne Srbije, do zapadne Morave, pa car Karlo V iz njemu znanih razloga 1718. godine priznaje Beogradsku mitropoliju za autonomnu. Na čelu mitropolije bio je Mojsije Petrović. Na taj način na teritoriji Austrougarske postojale su dvije mitropolije Karlovačka i Beogradska čiji su mitropoliti imali zvanje arhiepiskopa.
Navedeni primjeri govore da je vrlo rano počevši od njenog osnivanja 1557, otpočeo proces razbijanja jedinstva Pećke patrijaršije. U prvo vrijeme političke prilike i državni interesi turske imperije bili su takvi da je izmirenje sa srpskim narodom bilo neophodno, jer je to bio prostor koji je predstavljao centralni dio evropskog dijela turske carevine, i zbog činjenice da je sve više Srba stupalo u tursku službu.
Da davanje određenih privilegija srpskom narodu – autonomije, prava na vjeroispovijest može biti velika korist za tursku carevinu prvi je shvatio Mehmed –paša Sokolović po mnogima jedan od ključnih inicijatora obnove Pećke Patrijaršije. To nije bio izraz sentimentalnih obzira nego sa turskog gledišta jedna vrlo praktična mudrost Mehmed – paše Sokolovića.
Prvo je uspio da izdejstvuje da Sultan Sulejman Veličanstveni, u vrijeme obnavljanja Pećke patrijaršije, izda ferman u kojem se naređuje da sesvaka vjera slobodno ispovijeda i da niko ne smije otimati manastirska pokretna i nepokretna dobra.
Zato nije slučajno da je prvi Pećki patrijarh Makarije zapravo brat Mehmed – paše Sokolovića. Mnogi ističu da je Makarije imao carski ferman, da jaše dobrog konja i ima topuz, pa je prozvan „topuzli Makarije“. Nakon Makarija koji je bio prvi patrijarh, dva patrijarha Pećke patrijaršije su bili njegovi najbliži srodnici. Kada se zna da su Pećki patrijarsi osim Turaka bili i Grci potrebno je postaviti pitanje koji su se to interesi srpskog naroda mogli u tim okolnostima ostvarivati.
Međutim, već od kraja XVI vijeka Porta počinje da gubi povjerenje u srpski narod i SPC, da bi ga u XVII i XVIII vijeku potpuno izgubili. Gubljenje povjerenja u SPC potpirivali su još više fanariotski krugovi u Carigradu. Ukidanju Pećke patrijaršije prethodili su i pokušaji kulturne jelinizacije, posebno u oblastima u čijoj su neposrednoj blizini bili Grci. Škole su bile najpodesnije mjesto jelinizacije.
Za razliku od Bugara, sukob Srba sa Grčkom nije bio toliko izražen u vezi jelinizacije, već se sukob odvijao unutar crkava. Počelo je sa Manastirom Hilandarom, pa otimanjem srpskih manastira u Palestini, na Svetoj Gori i to manastira Iver i Filotej. Dakle, stvarni sukob sa Grčkom dešava se u Svetoj Gori. Formalno, sukob je izbio oko pitanja da li su pravilnije grčke ili ruske štampane knjige.
Svi koji su bili protiv grčkog učenja proglašavani su jereticima i sudilo im se. Borba oko Hilandara iscrpljivala je manastir tako da je oko 1717. godine dug iznosio oko 39 hiljada groša.Jasno je da su grčki velikoposjednici imali negativan odnos i prezir prema SPC, međutim, da bi zadržali svoj status, svoja imanja, manastire, Srbi daju ogromne sume novca i Turcima i Grcima što će se pokazati pogubnim.
Veoma bitan uticaj na ukidanje Pećke patrijaršije odigrala je i Carigradska patrijaršija. Uticaj Carigradske patrijaršije bio je toliko značajan da je Porta 1665. godine uvela pravilo da se srpski patrijarsi biraju između ostalog i sa saglasnošću carigradskih patrijarha. Već je za vrijeme Arsenija III bila vidljiva ta zavisnost. Postoji dokument kojim Porta naređuje Arseniju III da pokupi danak koji je carigradski patrijarh u redovnim uslovima plaćao Porti.
Takođe postoji dokument da je 1702. godine carigradski patrijarh izdao pismeno kojim ukazuje da pećki i ohridski patrijarsi nijesu pravi patrijarsi. Jedan od razloga za ovakav stav jeste što se do zvanja patrijarha često dolazilo i davanjem Porti ogromne sume novca. Poznat je slučaj kaluđera Timotija koji je za kratko bio patrijarh Pećke patrijaršije jer je obilato darivao Portu. Uticaj i značaj Pećke patrijaršije naročito slabi kada za pećkog patrijarha dolazi Grk Janićije Karada, što ima za posljedicu da se na čelo episkopija postavljaju sve Grci. Postoji dokument koji ukazuje da su mnogi episkopi bili za ukidanje Pećke patrijaršije i njeno prisajedinjenje carigradskoj.
Tako se u mnogim dokumentima osim patrijarha Kalinika II, pominju niški episkop Gavrilo, skopski Konstantin, bosanski Serafin, užički Mitrofan, beogradski Jeremija kao pristalice ukidanje Pećke patrijaršije. U Beratu stoji da su imenovani lično došli u carsku prijestonicu, podnijeli molbu koju su ovjerili pečatima sa prijedlogom da se pećka patrijaršija prisajedini carigradskoj. To znači da dug kojim je bila opterećena Pećka patrijaršija nije bio jedini razlog za njeno ukidanje. Nakon episkopa koji su podnijeli dokument za ukidanje patrijaršije, molbu Sultanu Mustafi III podnio je Carigradski patrijarh Samuilo.
U molbi se tvrdi:
- da je već nestalo patrijarha (Kalinik podnio ostavku)
- da su svi kandidati za prijesto Pećke patrijaršije za posljednje dvije godine stvorili enormne dugove
- da su oni koji su postajali patrijarsi gledali su samo svoje interese
- uzimanje velikih zajmova sa izdavanjem priznanica
- da su mnogi postali predvjesnici latinstva među rajom
Na osnovu ovih razloga izdat je 1766. Berat o ukidanju Pećke patrijaršije.
Da zaključim, sve naprijed navedeno ukazuje da suština postojanja SPC nije ono što se želi predstaviti mitom. Navedeni podaci pokazuje da je Pećka patrijaršija obnovljena i ukinuta odlukama Sultana, da su mnogi Pećki patrijarsi bili Turci i Grci.
Iz prezentiranih podataka se utvrđuje da su na čelu srpske crkve jedno vrijeme bila dva patrijarha koja se međusobno nijesu priznavala, što ne samo da je protivno kanonskom pravu, već jedinstven primjer u djelovanju crkava.
Na osnovu svega ovoga se postavlja pitanje, na koje se prvenstveno mora dati odgovor činjenicama - čega je Pećka patrijaršija simbol i sinonim?
