Pejaković je zatvor u Sremskoj Mitrovici napustio polovinom marta, mjesec dana prije isticanja kazne, jer je tražio i dobio uslovni otpust. On je ujedno i jedini iz procesa osuđenima za atentat na Đinđića koji je kaznu služio u ovom zatvoru, ostali su u požarevačkoj Zabeli, ili u beogradskom CZ.
Pejaković je u maju 2007. osuđen na osam godina zatvora zbog pomaganja atentatorima u skrivanju, pa je oglašen krivim zbog pružanja pomoći učiniocu poslije izvršenog krivičnog djela. U presudi je navedeno da je Pejaković od 12. do 20. marta 2003. pomagao u skrivanju vođa zemunskog klana Dušana Spasojevića i Mileta Lukovića Kuma tako što ih je vozio automobilom po Beogradu i okolini, kao i da je u prva dva dana nakon atentata prenosio poruke Spasojevića i Milorada Ulemeka Legije.
Prvobitno, Pejaković je uhapšen tokom akcija Sablja, a prva optužnica ga je teretila za udruživanje radi neprijateljske delatnosti, ubistvo predsjednika najviših državnih organa i ubistvo u pokušaju. Međutim, tužilaštvo je protiv njega povuklo optužnicu za učešće u ubistvu Đinđića i preinačilo je. Pejaković je početkom marta 2007. pušten da se brani sa slobode, a na dosluženje kazne se vratio 2008. Tokom procesa, ispostavilo se da je Pejaković, kao pripadnik JSO, radio kao tjelohranitelj Milorada Ulemeka Legije i Spasojevića, ali i lidera LDP Čedomira Jovanovića.
(Danas)
