Tokom istrage o ubistvu biznismena i ukrajinskog parlamentarca Jevgenija Ščerbana 1996. godine, tužilaštvo je ustanovilo da su ovo ubistvo naručili Timošenkova i Pavel Lazarenko, ukrajinski premijer u periodu 1996-1997. godine.
Generalni direktor kompanije "Aton" i zamjenik predsjednika parlamenta Jevgenij Ščerban ubijen je na aerodromu u istočnom ukrajinskom gradu Donjecku u novembru 1996. godine. U tom napadu ubijeni su njegova supruga i radnik na aerodromu.
Aprila 2012. godine Ruslan, sin Jevgenija Ščerbana, predao je istražnim vlastima dokaze koji upućuju na umješanost Timošenkove.
Advokati Timošenkove, koja se nalazi na izdržavanju sedmogodišnje kazne zatvora zbog zloupotrebe vlasti, negirali su svaku umiješanost u ovaj zločin.