Huanfran je 2011. godine iz Osasune prešao u Atletiko, za koji je odigrao 355 utakmica i postigao šest golova.
Njemu je istekao ugovor i nije želio potpisati novi jednogodišnji koji mu je ponudila uprava.
- Moji posljednji dani u Atletiku. Ovo je moja kuća, a ovo je bila divna godina, najbolja u mojoj karijeri. Proživio sam lijepe trenutke, ali sam se i mučio. Moje porijeklo je iz Madrida, otac mi je bio navijač Reala, ali sam ja vrlo brzo postao navijač Atletika. Sjajno je što sam ovdje važan i ponosan sam na to što sam legenda Atletika - rekao je Huanfran.
S Atletikom je osvojio titulu prvaka Španije, dva trofeja Evropske lige, dva Superkupa Evrope, Kup kralja i Superkup Španije, a igrao je i u dva finala Lige šampiona.