U tri tačke optužnica Šešelja (61) terete za zločine protiv čovječnosti - progon nesrba na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi; deportaciju i prisilno premještanje. U šest tačaka, vođa radikala optužen je za kršenje zakona i običaja rata - ubistva, mučenje, okrutno postupanje, bezobzirno razaranje sela ili pustošenje koje nije opravdano vojnom nuždom, uništavanje vjerskih objekata i pljačkanje javne ili privatne imovine.
Ti zločini, po optužnici, bili su počinjeni u Zvorniku, Vukovaru, Mostaru, Nevesinju, Brčkom, Bosanskom Šamcu, širem području Sarajeva i vojvodjanskom selu Hrtkovci.
Medju zločinima za koje je Šešelj optužen su strijeljanje oko 200 hrvatskih zarobljenika na farmi Ovčara kod Vukovara, u novembru 1991; ubistvo oko 700 Muslimana u Zvorniku u proljeće i ljeto 1992, kao i protjerivanje oko 800 mještana vojvodjanskog sela Hrtkovci u maju 1992.
Prema optužnici, Šešelj je progon Hrvata u Vukovaru i Hrtkovcima počinio "govorom i propagandom mržnje", dok je ostala zlodjela u Zvorniku, Vukovaru, Mostaru, Nevesinju, Bosanskom Šamcu, Brčkom i širem području Sarajeva "podstakao, pomogao i podržao" tako što je dobrovoljce SRS, kao fizičke počinioce, regrutovao, indoktrinirao mržnjom prema nesrbima, organizovao i poslao na ratišta.
Zločini "šešeljevaca" nad Hrvatima i Muslimanima bili su, po optužnici, počinjeni u okviru udruženog zločinačkog poduhvata čiji je cilj bilo stvaranje jedinstvene srpske države na velikim djelovima teritorija Hrvatske i BiH, odnosno Velike Srbije.
U tom zločinačkom poduhvatu, Šešelj je, po optužnici, učestvovao sa tadašnjim predsjednikom Srbije Slobodanom Miloševićem i brojnim srpskim političkim, vojnim i policijskim zvaničnicima.
U završnim riječima, u proljeće 2012, tužioci su tvrdili da su dokazali Šešeljevu krivicu po svim tačkama optužnice i zatražili da mu sudije izreknu kaznu od 28 godina zatvora.
Šešelj, koji se branio sam, tvrdio je da je pobio sve tačke optužnice i zatražio je da bude oslobođen. On je rekao i da je Tribunal prekršio njegovo pravo na suđenje u razumnom roku, držeći ga u pritvoru duže od 11 godina.
Suđenje Šešelju počelo je u novembru 2007, poslije jednog neuspješnog pokušaja i štrajka glađu optuženog, a završeno je u martu 2012. godine završnim riječima, pošto je Šešelj odlučio da ne izvodi dokaze odbrane. Tokom 175 radnih dana, Tužilaštvo je pred sudije izvelo 89 svjedoka i u dokaze uvelo 1.367 dokumenata.
Izricanje presude Šešelju bilo je zakazano za oktobar 2013, ali je odloženo zbog toga što je, na zahtjev optuženog, zbog pristrasnosti iz raspravnog vijeća bio izuzet sudija Frederik Harhof iz Danske. Harhofa je zamenio sudija Mandaje Nijang iz Senegala, koji se u narednih godinu dana upoznavao sa predmetom, čitajući spis i gledajući video snimke iskaza svedoka.
U sudskom pritvoru u Sheveningenu Šešelj je bio od 24. februara 2003, kada se dobrovoljno predao odmah pošto je Tribunal objelodanio optužnicu protiv njega, do 12. novembra 2014, kada je pušten na privremenu slobodu u Srbiju. On je zatim izjavio da se neće dobrovljno vratiti na izricanje presude.
Sredinom marta, raspravno vijeće odlučilo je da Šešelj ne mora da se vraća u Hag na izricanje presude, pošto je raspravno vijeće Tribunala usvojilo he argument Vlade Srbije da nije moguće prekidati, ni u Hagu nastaviti Šešeljevo liječenje od tumora na jetri od kojeg, kako je ranije utvrđeno, boluje.
Odluci da prvostepena presuda Šešelju bude izrečena u odstustvu optuženog, koja je bez predsedana u dosadašnjoj istoriji tribunala, usprotivio se sudija Nijang.
