Protokol reguliše administrativni okvir za realizaciju zajedničkih projekata, kao i radni program saradnje za naredni dvogodišnji period.
Mješovita crnogorsko-hrvatska komisija prihvatila je 16 zajedničkih projekata iz različitih naučnih oblasti koji će se finansirati u 2015. i 2016. godini.
Protokolom je predviđeno da strana koja šalje naučnike pokriva troškove prevoza između dvije zemlje, dok strana koja prima naučnike pokriva troškove smještaja, dnevnica i lokalnog prevoza, neophodne za realizaciju saradnje na odobrenom projektu.
Dogovoreno je da se sljedeći konkurs za zajedničke projekte objavi najkasnije do 15. aprila 2016. godine, s tim da je 15. jun 2016. godine rok za predaju prijedloga projekata.