Morsi se tereti za saradnju i špijunažu sa palestinskim Hamasom, organizovanje napada na imovinu i objekte egipatske vojske, kao i za učešće u organizaciji bijega zatvorenika iz zatvora Vadi Natrun za vrijeme revolucije u januaru 2011. godine.
Svrgnuti predsjednik i još 14 zvaničnika Muslimanskog bratstva terete se i za podsticanje ubistava demonstranata na trgu ispred egipatskog Predsjedništva.
Prvo saslušanje u sudnici najavljeno je za 4. novembar. Morsijev advokatski tim najavio je da on neće priznati istragu, niti se braniti u ovom slučaju.